TP M2GGB
M2GGB - TP Bioinfo / Epidémiologie génétique
contact: ludwig@univ-brest.fr
1. Préparation
Pour réaliser ces TP il faudra être connecté au réseau de l'UBO.
Une connexion à Eduroam est donc indispensable
1.1. Windows - Télécharger MobaXTerm
Télécharger sur https://mobaxterm.mobatek.net/download-home-edition.html
- Installer edition sur dans la plupart des cas
- Portable edition sur vous n'avez pas les droits d'administrateur sur vous ordinateur
1.2. Mac / Linux - Attendre que les autres téléchargent MobaXTerm
Sur Mac, vous pouvez repérer comment faire certains caractères utiles avec votre clavier:
| Caractère | Touches |
|---|---|
| | | alt + shift + l |
~ |
alt + n |
[ |
alt + shift + ( |
] |
alt + shift + ) |
{ |
alt + ( |
} |
alt + ) |
2. Connection au serveur
Liste des logins:
| Nom | Login |
|---|---|
| Paul AMEDEGNATO | pamedegnato |
| Ibrahim BARHDOUDI | ibarhdoudi |
| Eulalie BAUDUIN | ebauduin |
| Maxime BICHELOT | mbichelot |
| Clement BOYER | cboyer |
| Jade CHRISTOPHE | jchristophe |
| Clemence DELMAERE-COLSON | cdelmaere |
| Ibrahima Sory DIALLO | idiallo |
| Arnaud DUDAC | adudac |
| Racha NAIT MIHOUB | rnait |
| Claudia PERSONNE | cpersonne |
| Cyriel PLAIRE | cplaire |
| Kimberly RAHARISON | kraharison |
| Wahiba RAHMANI | wrahmani |
| Camille SALAUN | csalaun |
| Mahdis SHOMALI | mshomali |
| Katada SITTI KACHIFAT | ksitti |
| Oussama SMAILI BENAKHLA | osmaili |
| Siyi Wu | swu |
| Laurine ZIELINSKI | lzielinski |
Il vous sera demandé de changer votre mot de passe. Lors de la première connection, le système vous demandera
- Votre mot de passe actuel (
password) pour vous connecter - Il déclenchera alors la procédure de changement de mot de passe et vous redemandera votre mot de passe actuel (
password) - Vous devrez ensuite entrer votre nouveau mot de passe
- Enfin, entrez à nouveau votre nouveau mot de passe pour confirmer
- A ce moment votre session se fermera, et vous devrez vous reconnecter avec votre nouveau mot de passe
2.1. Windows
- Ouvrez MobaXTerm
- Cliquez sur Session
- Remote host :
serine.univ-brest.fr - Specify username ☑
login - Port: 22
- ✔ OK
Taper votre mot de passe : password
2.2. Mac/Linux
Ouvrez le programme Terminal (dans /Applications/Utilitaires)et tapez:
login par votre login...ssh -X login@serine.univ-brest.fr
Taper votre mot de passe : password
3. Avant de commencer
- Les majuscules/minuscules ne peuvent pas être interverties (la plupart du temps)
- Les espaces/absences d'espaces sont importants (en revanche le nombre d'espace n'est pas important)
Un humain peut comprendre la phrase "hiermatin j'ai VU unélé pHant" mais pour une machine c'est plus difficile (et en réalité pas du tout souhaitable): la syntaxe et la grammaire doivent être respectées.
Ces commandes sont donc différentes:
#fonctionnera
cat monfichier | grep -v "quelque chose"
#ne fonctionneront pas:
cat monfichier | grep -V "quelque chose" # V majuscule
CAT monfichier | grep -v "quelque chose" # CAT majuscule
cat monfichier | grep-v "quelque chose" # grep-v collés
cat monfichier | grep - v "quelque chose" # - v séparés
catmonfichier | grep -v "quelque chose" # catmonfichier collés
bash- ⚠ Evitez de prendre vos notes dans Word ou autres outils de traitement de texte
- Il faudra probablement prendre des notes pendant le TP.
- ça sera plus facile sur notepad/notepad++/sublimtext ou encore mieux https://hackmd.io/ ou Obsidian où il suffira de copier coller l'ensemble du TP avant d'y ajouter notes ou commentaires
- Si vous copiez des commandes dans word/openoffice/libreoffice/googledrive... il y a de grandes chances pour que certains caractères soient remplacés automatiquement et que la commande ne marche plus une fois recopiée dans le terminal unix.
4. TP Bioinformatique
L'évalutation de l'UE bioinfo sera composé de :
- un examen sur table, portant sur l'ensemble de ce qui a été vu en TP (coef 2)
- un examen oral, portant sur l'ensemble des cours magistraux (coef 1)