Diversité Génomique de la population française

-Pourquoi le projet pilote POPGEN ?

Le développement de la médecine génomique qui va permettre une meilleure prise en charge des patients est possible grâce aux technologies de plus en plus innovantes et rapides qui permettent de lire une partie ou l’ensemble de notre génome.

cellule

Le génome est l’ensemble de l’ADN (Acide Désoxyribonucléique) qui constitue nos chromosomes.

L’ADN s’écrit à l’aide d’un alphabet de quatre lettres A T G C (A pour Adénine, C pour cytosine, T pour thymine et G pour guanine), appelés nucléotides.

Composé de plus de 3 milliards de lettres, le génome d’une personne remplirait l’équivalent de 400 dictionnaires.

Le séquençage du génome consiste à lire l’ADN, c’est-à-dire la succession des lettres qui s’enchainent dans un ordre particulier.

sequence

L’ADN est le même dans toutes les cellules d’un individu et est propre à cet individu. Entre deux individus, on observe des différences sur environ une lettre sur mille (soit environ 3 millions de variations). Ces variations observées entre les individus sont responsables des différences de couleur de cheveux ou des yeux, par exemple, et dans certains cas, elles peuvent être impliquées, directement ou en tant que facteurs de risque, dans la survenue de pathologies.

Dans le cadre de la prise en charge d’un patient, l’objectif du séquençage est de permettre de repérer les variations génétiques qui pourraient expliquer sa maladie. Pour identifier les endroits du génome du patient où il existe des variations, son génome est comparé à un génome humain de référence.

Une grande majorité de ces variations sont des variations dites neutres, c’est-à-dire sans effet sur la maladie, qu’on pourra éliminer d’emblée de l’analyse. Pour faire le tri entre les variations neutres, plutôt fréquentes, et les variations potentiellement impliquées dans la maladie, plus rares, le principe est très simple : il suffit de regarder la fréquence de la variation dans la population générale. Pour ce faire, il faut disposer d’une base de données répertoriant ces variations et leurs fréquences sur le territoire français.

Un premier travail de ce type a déjà été réalisé dans quelques régions françaises, et a permis à plusieurs équipes d’avancer sur leurs projets. Ce premier panel de témoins a également confirmé le besoin d’avoir des données de références provenant de notre population pour que les recherches soient les plus précises possible. Ce panel ne couvrant qu’une petite partie du territoire, il était impératif pour les futurs protocoles de soins d’avoir une base de données couvrant le mieux possible le territoire métropolitain. C’est là l’objectif principal de la recherche sur la « Diversité génomique de la population française », POPGEN : constituer cette base de référence nationale, dans le cadre du plan France Médecine Génomique 2025.

-Comment ça se passe ?

Cette base de données sur les variations génétiques et leurs fréquences sera constituée à partir des données de séquençage de volontaires de la cohorte Constances représentatifs de nos régions françaises.

Les volontaires de la cohorte CONSTANCES ont été interrogés en 2019 sur l’année et le lieu de naissance de leurs ascendants, c’est-à-dire leurs parents et grands-parents (Note d’Information sur les données des ascendants).

Une sélection de 15 000 volontaires a été réalisée selon la zone géographique d’origine de leurs ascendants (parents ou grands-parents), de manière à couvrir tout le territoire en respectant la démographie française métropolitaine. Ces 15 000 volontaires vont recevoir à leur domicile un courrier contenant les documents d’information sur la recherche, deux exemplaires d’un formulaire de consentement, ainsi qu’un kit d’auto-prélèvement salivaire.

L’ADN des volontaires acceptant de participer à la recherche POPGEN sera extrait de l’échantillon salivaire recueilli via le kit d’auto-prélèvement envoyé à leur domicile.

L’auto-prélèvement salivaire consiste à cracher dans un tube dédié à cet effet, selon les modalités précisées dans la vidéo du fabricant du kit (DNAgenotek, basée au Canada).

Une fois que les volontaires auront consenti à la recherche, l’ADN présent dans l’échantillon salivaire sera extrait au Centre Ressource Biologique (CRB) de la Fondation Jean Dausset – Centre d’Etude du Polymorphisme Humain (CEPH) puis génotypé et séquencé au Centre National de Recherche en Génétique Humaine (CNRGH).

Les données génétiques seront analysées par l’équipe de recherche POPGEN, coordonnée par le Dr Emmanuelle Génin, à l’unité mixte de recherche 1078, située dans les locaux de l’Université de Bretagne Occidentale (UBO) de Brest (Présentée dans la vidéo).

N’hésitez pas à consulter le site internet du plan France Médecine Génomique 2025, si vous souhaitez en savoir plus.

-Où en est-on ?

Envoi des courriers d’inclusion aux volontaires(Mars à Décembre 2021)

Recrutement de la recherche POPGEN: Envoi des courriers d’inclusion contenant notamment un kit salivaire au domicile des 15000 volontaires Constances sélectionnés.

Obtention de l’ensemble des autorisations réglementaires(Janvier 2021)

Les autorisations réglementaires de la Commission Nationale de l’Informatique et des Libertés (CNIL) et l’avis favorable du Comité de Protection des Personnes (CPP) sont obtenus.
Le Conseil scientifique (CS) et le Comité de Pilotage de la cohorte Constances ont également émis un avis favorable pour la réalisation du projet POPGEN.

Validation de la faisabilité échantillon salivaire pour l’analyse génétique (Juin 2019)

Réalisation d’une étude pré-pilote visant à évaluer la qualité des séquences obtenues à partir d’échantillons salivaires par rapport aux données provenant de prélèvements sanguins, chez les mêmes individus. Recherche menée avec l’appui de la cohorte Gazel.
Un article scientifique est en cours de publication.